厦门海事局管辖区域为：北界线，同安莲河附近，经小嶝岛、角屿、金门岛，再沿24°28′00″N向正东延伸以南、以西水域；南界线，厦漳大桥北叉，经鸡屿、5号锚地、青屿、浯屿，再沿24°16′00″N向正东延伸以东、以北水域。海上安全监管水域面积约2622平方公里，海上搜救水域面积约2600平方公里（东至台湾海峡中线，不包括金门限制水域）。
机构职能：
（一）贯彻和执行国家水上交通安全、航海保障、船舶和水上设施检验、环境保护、海洋管理等方面的法律、法规和规章，实施有关多边与双边国际条约，结合本辖区实际情况，制定实施细则，并监督执行。
（二）管理或负责规定区域内国际航行船舶和国内航行船舶的船舶登记，以及船舶法定配备的操作性手册与文书审核签发工作；负责辖区内外国籍船舶管理工作和审理外国籍船舶（包括港澳地区船舶）进入本辖区未开放水域或港口的申请，并按规定程序上报审批；负责口岸的海事管理工作。
（三）按照授权，负责船舶检验机构、引航机构、海员外派机构和船员培训机构的监督管理工作；负责辖区航运公司安全与防污染监督管理工作，以及船舶所有人、经营人实施有关法律、法规、国际公约的指导和管理工作。
（四）按照授权，负责船员、引航员、游艇操作人员、磁罗经校正人员和海上设施工作人员适任资格的注册、培训、考试和发证管理、船员服务簿和海员证发放及管理、船员培训合格证管理及其考试发证工作。
（五）负责辖区内一般等级及以下水上交通事故、船舶污染事故处置及调查处理的组织、指挥和协调工作；负责组织、指导或具体实施辖区船舶防台、水上搜寻救助及水上交通事故、污染事故、水上交通违法案件的调查处理工作。
（六）管理、指导或具体负责辖区内“船旗国”“港口国”和“沿岸国”管理、船舶安全检查、国际航行船舶进出口岸查验、国内航行船舶进出港报告、强制引航监督、船舶保安和防抗海盗、船舶载运危险货物及其他货物的安全监督、靠泊安全监督、防治船舶污染水域监督等工作。
（七）管理、指导或具体负责辖区内“沿岸国”管理、海区（或水域）巡逻、通航环境管理与通航秩序维护、水上水下施工作业审核及监督管理、锚地和重要水域划定、航行警（通）告发布等工作。
（八）负责船舶油污损害赔偿基金等非税收入的征收管理工作。
（九）负责管理和指导本局机关和所属派出机构的海事业务、法制、规划计划、基本建设、财务会计、固定资产、干部人事、劳动工资、技术装备、科技教育、政务信息、党群、审计、纪检监察、精神文明建设、宣传等工作。
（十）承办交通运输部、交通运输部海事局、福建海事局、厦门市人民政府交办的其他事项。
